İlaç tedavilerinin hepsinde olduğu gibi büyüme hormonu tedavisinin de yan etkileri vardır. Ancak bu yan etkiler, tedavi uygun verildiğinde ve izlem uygun bir şekilde yapıldığında en aza indirilir. Büyüme hormonu tedavisi boy kısalığı bulunan bütün çocuklara verilmez ancak belli durumlarda verilir. Bu nedenle en başta tedavi başlama kararı önemlidir. Sonrasında çocuklarımız mutlaka izlenmelidir. Genel fizik inceleme, vücut ölçüleri ile birlikte belli aralıklar ile kan tetkikleri yapılmalıdır. İzlem sırasında kan tetkiklerinde beklenenin dışında bulgular olursa doz azaltılabilir hatta bir süre tedaviye ara verilebilir. Tedavi başlandıktan sonra uygun izlem, yan etkileri tam ortaya çıkmadan önce fark etmemizi ve önlem almamızı sağlar.
Özetlersek, doğru karar ile tedavi başlanan ve uygun bir şekilde izlenen bir çocukta önemli bir yan etki beklenmez.